Die Crew versucht auf dem kargen Planeten zu überleben. Zu allem Überfluß scheint der Planet auch noch mit kriegerischen Halbwilden bevölkert zu sein, die nichts anderes im Kopf haben, als der Crew das Leben schwer zu machen. Auf der Flucht in eine Höhle kommt man vom Regen in die Traufe: Ein seltsames Ungeheuer stellt eine weitere Bedrohung dar. Unterdessen versucht der Holodoc mit dem betazoidischen verrückten Mörder das Schiff zurückzuerobern.

Tuvoks Geist wird zuhnemend schwächer. Als Lösung dient (mal wieder) die Geistesverschmelzung, diesmal mit Janeway. Dabei erforschen die beiden noch einmal Tuvoks erste Mission unter Captain Sulu (bekannt aus TOS).

Auf einer Raumstation mach die Voyager halt. Paris und Kim halten sich zur falschen Zeit am falschen Ort auf: Bei einer terroristischen Aktion stehen sie ganz in der Nähe und werden in ein Gefängnis verlegt. Dort werden die Gefangenen sich selbst überlassen, da eine Flucht so gut wie unmöglich ist. Die beiden haben daher alle Mühe, sich gegen die Mitgefangenen durchzusetzen. Janeway versucht indes mit Hilfe von Terroristen die Lage des Gefängnisses zu erfahren, um die beiden zu befreien.

Das Schiff wird von einem Schwarm kleiner Schiffe angegriffen, gegen die man zunächst machtlos scheint. Der Doktor hat indes ein ganz anderes Problem. Seine Holomatrix destabilisiert sich. Der Grund: Er hat einfach zu viele Informationen gespeichert, so daß sein Schaltkreise offensichtlich überlastet sind. Torres versucht eine Lösung zu finden, bevor der Doc ganz verloren ist.

Die Voyager entdeckt beim Durchfliegen des Delta-Quadranten plötzlich Föderationstechnologie auf einem Planeten. Chakotay und Paris beamen auf den Planeten, um der Sache nach zu gehen. Sie finden eine Kultur, die zerstört und am Boden ist. Grund dafür sind zwei Ferengi, die sich dort als Götter ausgeben...
(mit Bezug zu TNGs "Der Bazanhandel")

Die Voyager nimmt Gäste von einem fremden Planeten auf. Schon bald bemerkt man die telephatischen Fähigkeiten dieser Rasse. Bald darauf hat Torres seltsame Träume von Widerstandsbewegungen gegen ihre Gäste, die Enaraner. Offensichtlich verdrängen die Enaraner einen Teil ihrer Geschichte.

Bei der Landung auf einem fremden Planeten betritt Kes ohne böse Absicht einen heiligen Schrein. Sie fällt in einen komaartigen Zustand; die einzige Chance sie zu retten besteht in einem speziellen Ritual. Janeway bittet bei fremden Völkern um Hilfe, um dieses Ritual zu erlernen und durchzuführen.

Die Voyager wird von einem Föderationsschiff aus der Zukunft angegriffen. Der Captain erklärt Janeway, daß die Voyager für eine Katastrophe in deren Zeit (29. Jahrhundert) verantwortlich sei. Die Voyager kann sich gegen die Angriffe des Schiffs wehren, gerät jedoch selbst in einen Zeitstrudel und landet in San Francisco (wo sonst?). Dort entdeckt ein Großindustrieller die Voyager und versucht plötzlich mit Technologie aus dem 29. Jahrhundert die Voyager unschädlich zu machen und den Holodoc zu stehlen.

Die Voyager findet drei verletzte Aliens auf einem treibenden Schiff im Raum. Kes und der Holodoc behandeln die Verletzten. Ein Alien stirbt, schafft es aber noch seinen Geist in Kes zu transferieren. Kes ist nun nicht mehr sie selbst, sie wird vollkommen von diesem Alien, einem Extremisten, kontrolliert. Er benutzt ihre mentalen Kräfte, um ein Shuttle zu stehlen und zu seinem Heimatplaneten zu fliegen. Dort will er die Macht an sich reissen.

Die Voyager stößt auf erstaunlich viele Explosionen von Supernovae (Pl ??). Diese häufen sich so stark, daß sie der Voyager gefährlich werden könnten. Zu allem Überfluß erscheint auch noch Q auf der Voyager und verlangt, daß Janeway sein Kind austragen soll. Die weigert sich natürlich. Daraufhin erscheint ein weibliches Q-Wesen, daß mächtig eifersüchtig auf Janeway ist. Q entführt Janeway mit ins Q-Universum und läßt seine weibliche Begleiterin ohne ihre Kräfte auf der nun stark bedrohten Voyager zurück.

Die halborganischen Teile der Voyager infizieren sich mit einem mysteriösen Makrovirus (der ungefähr die Größe eines menschlichen Kopfes hat). Der greift bald auch die Crew der Voyager an und bald sind nur noch Janeway und der Holodoc unbeschadet. Janeway versucht die Situation auf dem Schiff unter Kontrolle zu halten, während der Holodoc auf einer Bergwerk-Kolonie nach dem Ursprung der Infektion, um ein Gegenmittel zu kreieren.

Die Voyager macht auf einer Raumstation halt. Dort begegnet Neelix einem alten Bekannten: Wixiban. Der ist inzwischen auf lukrative Geschäfte umgestiegen: Er betreibt einen florierenden Drogenschmuggel. Nun will er ein Shuttle der Voyager für seine Transporte von Neelix bekommen. Der lehnt natürlich ab. Kurze Zeit später bringt Wixiban einen seiner Kunden um. Zufällig sind auch Paris und Chakotay am Ort und werden nun unschuldig verdächtigt. Ihnen droht eine schwere Strafe.

Kim hat ein Problem: Er hat sich in eine Holo - Figur verliebt. Um sich davon zu distanzieren, bittet er Tuvok, ihm vulkanische Techniken zur Unterdrückung von menschlichen Gefühlen beizubringen. Tuvok versucht Kim zu helfen, doch als Tuvok das Holodeck besucht, verliebt er sich ebenfalls in die Figur. Offensichtlich führt Marayna (die Holodeck - Figur) mehr im Schilde, als es scheint.

Janeway stürzt mit einem Shuttle schwerverletzt ab. Prompt wird sie von Vidianern angegriffen. Tatsächlich befindet sie sich in einer Art Zeitschleife, die immer wieder auf ihren Tod hinausläuft. Auf ihrem Weg wird sie dabei von ihrem Vater, Admiral Janeway, begleitet. Sie versucht aus ihrer Misere zu entkommnen, immer ihren Vater im Auge, den sie um Hilfe bittet.

Vorik, ein Mitglied der Crew, durchläuft sein erstes Pon Farr (bei den Vulkaniern alle 7 Jahre, siehe auch TOS "Die Wolkenstadt"). Bekanntlich kann das nur a) Durch einen Kampf auf Leben und Tod b) durch die Wahl einer Partnerin oder (oder auch weniger) durch Meditation beendet werden. Andernfalls kann es sogar zum Tod führen. Vorik verliebt (kann man das so nennen?) sich ausgerechnet in Torres. Die wird von seinem Pon Farr angesteckt (ihre klingonische Seite), steht aber leider nicht auf Vorik. Irgendwie müssen die beiden jetzt ihre Paarungsinstinkte an jemandem ausleben;-) -herrlich komisch.

Chakotay stürzt mit seinem Shuttle auf einem fremden Planeten ab. Dort leben Borg, allerdings getrennt vom Kollektiv. Daher gibt es die üblichen Probleme: Verfeindete Parteien, die sich gegenseitig bekriegen. Chakotay hat bei dem Abstutz schwere neurale Verletzungen erlitten, die offenbar nur geheilt werden können, wenn ihm die Borg Kooperative dabei hilft.

Der Doktor versucht seine Persönlichkeit zu erweitern: Er fügt verschiedene historische Charaktere seinem Programm hinzu. Das hat allerdings eine unbeabsichtige Folge: Er wird zunehmend schizophrener und entwickelt verschiedene Persönlichkeiten, teilweise auch äußerst bosartige.

Ein Planet wird von Asteroiden bombardiert. Einige wichtige Forscher wurden jedoch nicht rechtzeitig evakuiert, so daß Neelix und Tuvok auf den Planeten zu einer Rettungsmission geschickt werden. Da sie ihr Shuttle nicht benutzen können, versuchen sie durch einen orbitalen Transportaufzug zurück zur Voyager zu gelangen. Doch sie werden offensichtlich immer wieder sabotiert.

Kim verhält sich plötzlich äußerst seltsam. Er steuert die Voyager instinktiv zu dem Planeten der Taresianer. Als Grund für sein Verhalten erzählt man dort, daß Kim in Wirklichkeit halb außerirdisch ist. Sein Embryo sei bei den Menschen eingepflanzt worden, damit Kim nach seiner Heimreise über die Menschen berichten kann.

In ihrem neunten Lebensjahr ist Kes dem Tod nahe. Der Doktor versucht sie mit Hilfe einer biotemporalen Kammer zu retten. Diese Behandlung bringt Kes´ Zellen aus der "eitlichen Synchronisation". Sie reist nun rückwärts durch die Zeit, erlebt ihre komplette Vergangenheit und die Zukunft der Voyager.

Der Doktor hat immer noch Probleme, menschliches Verhalten im Ganzen zu begreifen. Deswegen schafft er sich eine holographische Familie. Er gewinnt Einblicke in ein Familienleben. Doch Torres findet das Programm nicht besonders realistisch und nimmt ein paar Korrekturen vor. Jetzt sieht sich der Holodoc wirklichen Problemen gegenübergestellt und erkennt, daß die Sache doch nicht so einfach ist, wie er es sich vorgestellt hatte.

Die Voth, eine Rasse aus dem Delta - Quadranten erkennen einen Zusammenhang zwischen menschlicher und ihrer DNA. Nach genauerer Untersuchung stellt Gegen, der leitende Wissenschaftler, die These auf, daß die Voth von der Erde stammen. Doch das paßt nicht in die Traditionen und den Glauben der Voth. Gegen wird als Ketzer verschrien. Um seine These zu prüfen verfolgt Gegen die Voyager und will Chakotay entführen, um endgültige Tests durchzuführen.

Auf der Voyager verschwinden plötzlich Crewmitglieder. An ihre Stelle treten Aliens von Nyra III. Diese sind genause verwirrt wie die Crew der Voyager, man kann sich das Verschwinden nicht erklären. Die Aliens vertragen auch die Umweltbedingungen auf der Voyager überhaupt nicht; für sie sind Licht und Temperatur eine Qual. Die entführte Voyager Crew findet sich dagegen in einer künstlichen Welt wieder.

Tuvok schrieb dieses Holo - Programm um einen Aufstand der Maquis - Mitglieder zu simulieren. Als diese sich jedoch in die Crew integrierten, geriet das Programm in Vergessenheit. Die Crew entdeckt es jedoch wieder und findet es jetzt spannend und interessant. Man findet sich in der Rolle eines Sicherheitsoffiziers, der von Chakotay überredet wird, dem Maquis zu helfen. Doch Seska hatte das Programm noch vor ihrem Ableben modifiziert.

Die Voyager stößt auf Borg - Raum. Sie versucht durch eine kleine Passage zu fliegen, in dem sich offenbar keine Borg aufhalten. Auf ihrem Weg erfährt die Crew den Grund: Eine seltsame Rasse, von den Borg als 8472 klassifiziert, zerstört mühelos eine riesige Borg Armada. Auch gegen die Waffen der Voyager ist diese Lebensform immun. Ein Außenteam beamt auf ein fast völlig zerstörtes Borg-Schiff. An der Außenhülle klebt ein Bio-Schiff der neuen Rasse. Bei der Erkundung wird Kim angegriffen. In der Krankenstation erkennt der Doktor, daß fremde 8472-Zellen Kims Körper übernehmen wollen. Die Voyager scheint machtlos. Kim droht zu sterben. Janeway sucht derweil auf dem Holodeck bei Da Vinci um Hilfe.